Ο Κανονισμός λειτουργίας και αρμοδιοτήτων του Εποπτικού Συμβουλίου περιγράφει τη λειτουργία του Εποπτικού Συμβουλίου και τις αρμοδιότητές του.

1. Το Εποπτικό Συμβούλιο συνεδριάζει τακτικά κάθε τέσσερις μήνες, καθώς και όταν οι ανάγκες της ΕΝΠΕ το απαιτούν, ύστερα από πρόσκληση και υπό την προεδρία του Προέδρου του (άρθρο 22, παρ. 1 Π.Δ. 74/2011).
2. Ο Αντιπρόεδρος του Εποπτικού Συμβουλίου αναπληρώνει τον Πρόεδρο σε περίπτωση απουσίας του ή κωλύματος. Κατόπιν γραπτής σχετικής εξουσιοδότησης του Προέδρου μπορεί να αναλαμβάνει μέρος των αρμοδιοτήτων του.
3. Το Εποπτικό Συμβούλιο συνεδριάζει στην έδρα της ΕΝΠΕ.  Ακόμη μπορεί να συνεδριάζει και εκτός της έδρας της ΕΝΠΕ μετά από σχετική απόφασή του.
4. Ο Πρόεδρος καλεί το Εποπτικό Συμβούλιο σε συνεδρίαση με γραπτή πρόσκληση, στην οποία αναγράφονται τα θέματα της ημερήσιας διάταξης. Η πρόσκληση επιδίδεται σε κάθε μέλος του Συμβουλίου τρεις τουλάχιστον ημέρες πριν την τακτική συνεδρίαση και σε έκτακτη περίπτωση με κάθε άλλο τρόπο. Ο Πρόεδρος καλεί επίσης το Συμβούλιο όταν το ζητήσουν τα δυο πέμπτα (2/5) τουλάχιστον του συνολικού αριθμού των μελών του με γραπτή αίτηση. Ο Πρόεδρος διευθύνει το Συμβούλιο και επιμελείται της εκτέλεσης των αποφάσεών του.
5. Ο Αντιπρόεδρος του Εποπτικού Συμβουλίου αναπληρώνει τον Πρόεδρο σε περίπτωση απουσίας του ή κωλύματος. Κατόπιν γραπτής σχετικής εξουσιοδότησης του Προέδρου μπορεί να αναλαμβάνει μέρος των αρμοδιοτήτων του.
6. Το Εποπτικό Συμβούλιο συζητεί και αποφασίζει για θέματα που είναι γραμμένα στην ημερήσια διάταξη. Μπορεί επίσης, να αποφασίζει και για θέματα που δεν είναι γραμμένα στην ημερήσια διάταξη αν χαρακτηρισθούν ως επείγοντα με απόφαση του Προέδρου του ή του Προέδρου της ΕΝΠΕ.
7. Το Εποπτικό Συμβούλιο έχει απαρτία εφόσον τα μέλη που είναι παρόντα αποτελούν την απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του. (άρθρο 22, παρ. 1, Π.Δ. 74/2011).
8. Οι αποφάσεις του Εποπτικού Συμβουλίου λαμβάνονται με την
   απόλυτη πλειοψηφία του συνόλου των μελών του. (άρθρο 22, παρ. 2 Π.Δ. 74/2011,).
9. Σε περιπτώσεις ισοψηφίας επικρατεί η ψήφος του Προέδρου.
10. Οι ψηφοφορίες είναι φανερές και γίνονται με ονομαστική ψηφοφορία.
11. Στις συνεδριάσεις του Εποπτικού Συμβουλίου τηρούνται πρακτικά με ευθύνη του γραμματέα του Εποπτικού Συμβουλίου.
12. Στις αποφάσεις καταχωρίζεται υποχρεωτικά και η γνώμη - άποψη της  μειοψηφίας (άρθρο 22, παρ. 2 Π.Δ. 74/2011,).
13. Στα πρακτικά αναγράφονται τα ονόματα όλων των μελών που συμμετέχουν, τα οποία και υπογράφουν τα πρακτικά.
14. Το Εποπτικό Συμβούλιο ασκεί έλεγχο στην οικονομική διαχείριση της  ΕΝ.Π.Ε. Κατά τη διενέργεια του ελέγχου ερευνά τα τηρούμενα βιβλία και τα αναγκαία νόμιμα δικαιολογητικά και παραστατικά στοιχεία και συντάσσει αιτιολογημένη έκθεση για την οικονομική διαχείριση. Στην έκθεση αναγράφεται υποχρεωτικά και η τυχόν υπάρχουσα γνώμη -άποψη της μειοψηφίας. (άρθρο 22, παρ. 3, Π.Δ. 74/2011,).
15. Η έκθεση του Εποπτικού Συμβουλίου αποστέλλεται στο Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο υποχρεούται αμέσως να λαμβάνει τα ενδεικνυόμενα μέτρα για την τακτοποίηση των τυχόν αναγραφομένων σ' αυτήν παραλείψεων ή παροχή των απαιτούμενων τυχόν διευκρινίσεων προς το Εποπτικό Συμβούλιο, με τεκμηρίωση των απόψεών του ως προς το ορθό και νόμιμο των γενομένων δαπανών. (άρθρο 22, παρ. 4, Π.Δ. 74/2011).
16. Η έκθεση του Εποπτικού Συμβουλίου αποστέλλεται στον Υπουργό Εσωτερικών που ασκεί την εποπτεία στην ΕΝΠΕ και προς την ετήσια τακτική Γενική Συνέλευση η οποία και αποφασίζει σχετικά. (άρθρο 22, παρ. 5 Π.Δ. 74/2011,).
17. Το Εποπτικό Συμβούλιο εκφέρει τις απόψεις του σε ειδική έκθεση επί του απολογισμού της ΕΝΠΕ, ο οποίος τίθεται υπόψη του πριν αποσταλεί στον Υπουργό Εσωτερικών. Η ειδική αυτή έκθεση του Εποπτικού Συμβουλίου συνοδεύει τον απολογισμό που αποστέλλεται στον Υπουργό Εσωτερικών. (Π.Δ. 74/2011, άρθρο 22, παρ. 6) και δημοσιεύεται μαζί με τον απολογισμό της ΕΝ.Π.Ε. στην ιστοσελίδα της.
18. Ο απολογισμός μετά την έγκρισή του από το Διοικητικό Συμβούλιο, τίθεται υπόψη του Εποπτικού Συμβουλίου, το οποίο εκφέρει τις απόψεις του σε ειδική έκθεση επί του απολογισμού (άρθρο 24 παρ. 5, πρώτο εδάφιο Π.Δ. 74/2011).